Institucija varuha človekovih pravic je bila v slovenski ustavni sistem vpeljana z novo Ustavo RS, ki je bila sprejeta decembra 1991. Varuha človekovih pravic v Ustavi RS opredeljuje 159. člen, ki določa, da se za varovanje človekovih pravic in temeljnih svoboščin v razmerju do državnih organov, organov lokalne samouprave in nosilcev javnih pooblastil z zakonom določi varuh pravic državljanov.

Vendar pa pri izvoru te institucije v Sloveniji nikakor ne gre spregledati vloge, ki jo je imel predhodnik varuha, in sicer Svet za varstvo človekovih pravic in temeljnih svoboščin (v nadaljevanju Svet). Svet je bil ustanovljen leta 1988, v času, ko se je v Sloveniji poglabljala zavest o vlogi in pomembnosti človekovih pravic. Svet je vseskozi deloval kot pluralno sestavljeno kolektivno telo. Njegovi člani so bili ugledni posamezniki: univerzitetni profesorji, umetniki, novinarji, duhovniki in drugi, ki so na področju varstva človekovih pravic delovali nepoklicno.

Delo Sveta lahko razdelimo v tri obdobja. V obdobju, od leta 1988 do leta 1990, je deloval v okviru takratne Socialistične zveze delovnega ljudstva. Mandatar za sestavo Sveta je bil prof. dr. Ljubo Bavcon, dolgoletni profesor kazenskega prava na Pravni fakulteti Univerze v Ljubljani. V tem obdobju je Svet deloval večinoma na bolj splošni ravni ter s pomočjo javnih izjav opozarjal na kršenje človekovih pravic v Sloveniji in Jugoslaviji.

Leta 1990 je takratna republiška skupščina sprejela poseben zakon o Svetu, ki mu je podelil tudi posebne zakonske pristojnosti za obravnavo posameznih primerov. To so pristojnosti za dostop do vseh informacij državnih organov, ki jih imajo tudi ombudsmani. Zakon je tudi določal, da se predsednik ter člani, ki jih on predlaga, volijo v skupščini. Z zakonom je Svet postal neodvisen in se je iz prostorov Socialistične zveze preselil v skupščinske prostore. V zadnji fazi, do konca leta 1994, ko je začel delati Varuh človekovih pravic, je Svet dajal večji poudarek obravnavi pobud posameznikov. V tem obdobju je obravnaval povprečno 300 pobud na leto in sprejel okoli 1000 telefonskih poizvedb in prošenj za nasvete ali pravno pomoč. To sicer ni visoka številka, vendar je treba upoštevati, da je imel Svet zaposlena le dva sekretarja in tajnico. Tako lahko povzamemo, da Varuh ni začel iz nič, temveč je nadaljeval na podlagi tradicije in izkušenj iz dela Sveta.

Decembra 1993 leta je Državni zbor RS sprejel Zakon o varuhu človekovih pravic, ki določa njegove pristojnosti in pooblastila ter daje zakonsko podlago za njegovo ustanovitev. Tako je 29. septembra 1994, na predlog predsednika republike Državni zbor Republike Slovenije za prvega varuha človekovih pravic izvolil Ivana Bizjaka (za izvolitev je potreboval dvotretjinsko večino glasov vseh poslancev). Po izvolitvi je varuh predlagal državnemu zboru imenovanje štirih namestnikov, vendar je državni zbor na seji 8. decembra 1994 imenoval tri. Za namestnike varuha so bili imenovani: Aleš Butala, France Jamnik in Jernej Rovšek. Namestniki imajo na področjih, za katera so pristojni, vsa pooblastila, ki jih zakon daje varuhu.

Varuh človekovih pravic je uradno začel delati 1. januarja 1995. S tem dnem je prenehal delovati Svet za varstvo človekovih pravic in temeljnih svoboščin prenehal veljati zakon o Svetu za varstvo človekovih pravic in temeljnih svoboščin. Varuh je skladno z zakonom prevzel od Sveta arhiv in zadeve, ki jih je do tedaj prejel in reševal.

Varuh je ob začetku dela opravil primopredajo s predsednikom Sveta za varstvo človekovih pravic in temeljnih svoboščin prof. dr. Ljubom Bavconom. Na svoji prvi tiskovni konferenci se je predsedniku in članom Sveta zahvalil za opravljeno delo ter poudaril, da je Svet opravil pomembno delo na področju varovanja človekovih pravic.

Varuh človekovih pravic, kakor ga določa zakon, je institucija, oblikovana po klasičnem modelu nacionalnega parlamentarnega ombudsmana s širokimi pristojnostmi do državnih in drugih organov, ki izvajajo javna pooblastila. Takšen model je prevzela večina zahodnoevropskih držav. Z nalogami in pooblastili, ki jih ima, je dodatno sredstvo zunajsodnega varstva pravic posameznikov.

Varuh ima od leta 2021 tudi vlogo Nacionalne institucije za človekove pravice (NHRI) po pariških načelih Organizacije Združenih narodov (OZN). Ta vloga pomeni, da deluje kot osrednji neodvisni organ za spremljanje, spodbujanje in varstvo človekovih pravic v državi, sodeluje z mednarodnimi mehanizmi, pripravlja ocene stanja in daje priporočila vladi ter državnim organom. Kot NHRI krepi kulturo človekovih pravic, spodbuja njihovo vključevanje v politike in zakonodajo ter spremlja izpolnjevanje mednarodnih obveznosti Slovenije.