Sekretariat po 13. členu poslovnika Varuha opravlja naloge na organizacijskem, pravnem, upravnem, materialnem, finančnem, kadrovskem področju, naloge s področja odnosov z javnostmi, naloge glavne pisarne, administrativno-tehnične, informacijske in druge naloge, ki so potrebne za delovanje Varuha.

Generalni sekretar ima glede vodenja službe Varuha in na področju delovnih razmerij pravice in dolžnosti predstojnika državnega organa v skladu z zakonom razen, če z Zakonom o varuhu človekovih pravic (ZVarCP) ali akti Varuha ta pristojnost ni izrecno določena varuhu. Je odredbodajalec za uporabo sredstev za delo Varuha. Za svoje delo je odgovoren varuhu.